Как оформлять счета-фактуры на аванс и учитывать НДС у покупателя в случае, если продавец и грузоотправитель — разные компании?

Добрый день! Мы ООО "Покупатель" оплачиваем и покупаем товар у ООО "Поставщик", в ТОРГ-12 в разделе грузоотправитель стоит ООО "АБВ".
ООО "Поставщик" и ООО "АБВ" работают по агентскому договору.
Очень часто на конец квартала у ООО "Покупатель" образуются авансы выданные. В этом квартале ИФНС прислала требование, что у ООО "Покупатель" и ООО "Поставщик" расхождение по авансовым сч/фактурам. Якобы ООО "Поставщик" фактуры отразил в журнале, а не в книге продаж. И требуют закрыть авансы и сдать уточненку. Мы в своем учете компанию ООО "АБВ" вообще не показываем, договор у нас заключен с ООО "Поставщик", оплата перечисляется на счет ООО "Поставщик" и все сч/фактуры выставляет ООО "Поставщик".  Как нужно оформлять входной НДС и сч/фактуры на аванс в такой ситуации?